На возвышении, где сегодня красуется новый чебаркульский храм, церковь стояла еще в 1745 г. Ее возвели из дерева через 9 лет после постройки крепости. Пугачев, отступая, сжег и крепость, и храм, и все, что там было. Через два года храм восстановили. А в 1854 г. рядом с деревянным построили каменный — о шести столпах, пяти куполах, с приделом Сретения Господня. Освятили его в то же имя, что и прежний, и простоял он до самой Революции.
Революция принесла борьбу с религией и закрытие храмов. В 1930 г. закрыли и чебаркульскую церковь. Сначала ее превратили в клуб, затем — в склад, позже пытались перестроить в кинотеатр. Во время этих работ рухнула одна из плит, и здание разобрали полностью.
После распада Советского Союза началось восстановление церковной жизни. В 1993 г. для служб приспособили старое деревянное школьное здание. Через четыре года архиепископ Челябинский и Златоустовский Иов заложил первый камень в основание будущего храма. В 2007 г. новый храм освятили также во имя Преображения Господня. Здание получилось очень красивым: просторное, белое, с ярко-голубыми куполами и золотыми маковками. Преображенский храм считается одним из самых красивых в Челябинской области.
При Чебаркульском храме Преображения работает Дом трудолюбия — здесь помогают бездомным, а также людям с алкогольной и наркотической зависимостью. С 2011 г. действует Сестричество милосердия: сёстры ухаживают за больными.
В старом деревянном здании через дорогу от нового храма работают небольшой музей и пекарня, где выпекают просфоры.
